En el plano universal, los órganos de protección de derechos humanos de Naciones Unidas han tenido oportunidad de pronunciarse sobre este derecho. El Comité de Derechos Humanos lo hizo al aprobar las observaciones finales que formulara al tercer informe periódico sobre Argentina, en el año 2000. Allí señaló que el apoyo económico dispensado a la Iglesia católica en relación con el brindado a otras confesiones, constituía un acto de discriminación por razones religiosas.

El mismo tema fue objeto de preocupación por parte del Relator Especial sobre la Libertad de Religión o de Creencias. Así, en el informe sobre su visita al país del año 2002 recomendó al Estado que revise el modo en como subvenciona a las comunidades religiosas, señalando que el mismo debe estar fundado sobre la base del principio de igualdad por equivalencia. Asimismo advirtió sobre la necesidad de que determinados valores religiosos, particularmente católicos, que sirvan de inspiración a las iniciativas políticas y legislativas no se contrapongan, en especial con los relativos a los derechos de la mujer y a la no discriminación.

También hizo referencia a los derechos de los pueblos indígenas, poniendo de resalto el significado espiritual que la tierra tiene en relación al disfrute del derecho a manifestar creencias religiosas.

Igualmente el Comité para la Eliminación de la Discriminación Racial en el año 2004, se refirió a la situación de los pueblos indígenas en el país, particularmente manifestando preocupación en relación al deterioro de la capacidad de éstos para realizar sus prácticas y rituales religiosos en sus tierras ancestrales.

En el ámbito de la protección regional, el único órgano que se ha pronunciado sobre el tema respecto del Estado argentino es la Comisión Interamericana de Derechos Humanos en un caso del año 1978. El asunto llevado a su conocimiento versó sobre la prohibición de toda actividad religiosa por parte de las personas pertenecientes a la congregación de los Testigos de Jehová, interdicción dispuesta por el gobierno dictatorial de turno.

La Comisión se pronunció considerando que dicha medida resultó constitutiva de una clara violación al derecho de libertad religiosa y de culto.